Manuel Palacio est issu du corps des directeurs des services de la protection judiciaire de la jeunesse. Après douze ans comme éducateur en Seine-Saint-Denis, il devient directeur d’un centre éducatif pour mineurs sous main de justice à Villiers-Le-Bel dans le Val d’Oise. Il rejoint ensuite l’administration centrale de la protection judiciaire de la jeunesse au ministère de la justice où il est nommé chef du bureau de l’action éducative. Il y mènera plusieurs projets sur la prise en charge des mineurs délinquants dans leur milieu naturel, en situation de placement dans des structures judiciaires et en milieu pénitentiaire.
Il est l’auteur en 2006 d’un ouvrage sur la justice des mineurs, « La justice des enfants perdus » (Éditions La Découverte), année où il rejoint l’INHES, récemment créé, comme conseiller du Directeur sur les dossiers «prévention de la délinquance-politique de la Ville-délinquance juvénile ». Lors de la création en 2006 du comité interministériel de prévention de la délinquance (l’actuel CIPDR), il participe à un projet de formation interprofessionnelle des acteurs de la prévention dans cinq départements pilotes.
Au moment de la transformation de l’INHES en INHESJ, il pilotera, en partenariat avec l’École supérieure de l’éducation nationale (ESEN), une formation à l’INHESJ sur la sécurité des établissements scolaires à destination des chefs d’établissements dans les zones les plus exposées. Cette formation se déroulera sur six ans et bénéficiera à près de 500 chefs d’établissements.
Depuis 2012, il est le rédacteur en chef de la revue de l’Institut, les Cahiers de la sécurité, devenus les Cahiers de la sécurité et de la justice en 2014.