Les activités de recherche et de prospective de l'Institut se déploient principalement au sein de la direction de la recherche et de la prospective, composé d'une équipe pluridisciplinaire de chercheurs dirigée par Nacer Lalam, économiste. Ce département réalise les travaux scientifiques confiés à l'Institut, à destination des décideurs et institutions en charge de l'action publique de sécurité et de justice : ministères et organismes interministériels principalement.
Ces travaux permettent notamment d’évaluer les nouveaux risques, menaces et vulnérabilités du monde contemporain, en intégrant une approche de terrain.
Les chercheurs de l'Institut sont issus de diverses disciplines et spécialisés sur les thématiques suivantes :
- le terrorisme et la radicalisation violente,
- l’analyse des trafics internationaux (stupéfiants, fausse monnaie, tabac, traite des êtres humains),
- les rapports entre les institutions régaliennes et la population,
- le management du risque et la gestion de crise,
- l'histoire du corps préfectoral et du ministère de l'Intérieur.
Ils sont également impliqués dans les activités de tous les départements de formation :
- conception de programmes de formation et participation aux enseignements,
- partage de connaissance, de réseau et de ressources,
- veille informationnelle, technique et scientifique,
- encadrement de travaux des auditeurs.
Enfin, les chercheurs mettent en œuvre la politique de soutien à la recherche :
- ils siègent au sein d'instances scientifiques d'institutions partenaires,
- organisent chaque mois les Rendez-vous de la recherche,
- conduisent la sélection et la cérémonie des Prix de thèse et de master 2,
- organisent l'appel à projets pour le Fonds d'investissement pour les études stratégiques et prospectives.